Algunos de los clientes de la red de dopaje que figuraban con nombres en clave en los manuscritos y la documentación incautada durante las detenciones y registros del 23 de mayo de 2006 no pudieron ser identificados por la Guardia Civil. La sección n.º 5 de la Audiencia Provincial de Madrid, atendiendo a los seis recursos presentados (UCI, AMA, AIGCP, RFEC, Fiscalía y Abogacía General del Estado),​​ ordenó mediante un auto al juez Serrano la reapertura del caso el 14 de febrero de 2008.​ El exciclista del Kelme (y excliente de Eufemiano Fuentes) Jesús Manzano recurrió el archivo del caso al considerar que se había cerrado sin concluir las pesquisas que el propio juez Serrano había decretado, tales como las comisiones rogatorias a otros países para interrogar a ciclistas. Al no pedir el juez el informe de la AEM, dichos hallazgos no pudieron ser completamente demostrados, solapa traje impidiendo así que estos hechos pudieran ser utilizados como argumentos que demostrarían la existencia de un delito contra la salud pública.​

Los nuevos iX3 y GLC dejan en ridículo a Tesla, el futuro de los coches eléctricos está en manos de Alemania

Tras esta decisión del equipo alemán, al mediodía se reunieron los representantes de todos los equipos con la organización del Tour en el Palacio de Congresos de Estrasburgo. Consumado el plante, se produjo después una tensa reunión de los ciclistas en un hotel de Móstoles sobre la actitud a mostrar ante la prensa.​ Entre el domingo 25 de junio y el lunes 26 de junio de 2006, el diario El País publicó un extenso reportaje sobre la investigación de la Guardia Civil. La exclusión del equipo del Tour y la Vuelta ocasionó que la Generalidad Valenciana decidiera retirar su patrocinio (bajo la marca Comunitat Valenciana).​ Como consecuencia de la retirada de su patrocinador principal, el equipo, continuador del histórico Kelme, desapareció al finalizar la temporada 2006.​ A cambio de un patrocinio de ocho millones de euros, el equipo pasaba a llamarse Astana-Würth, al ser Astaná el nombre de la capital del país y del principal holding empresarial kazajo y continuar Würth como copatrocinador de la formación, de la que seguía siendo propietaria Active Bay (propiedad a su vez de Manolo Saiz).​ El nuevo maillot (con el color azul turquesa de la bandera kazaja) fue estrenado el 23 de junio, en el Campeonato de España en contrarreloj.​

Caso Armstrong: investigación, condena y confesión

El mismo Fuentes declaraba en una entrevista a la Cadena Ser que le "ha sorprendido mucho que hayan salido unos nombres sí y otros no. También nombres que ni conozco como es el caso de Alberto Contador".​ En un primer instante, comparecía Alberto Contador en la lista de ciclistas, pero fue retirado su nombre cuando la UCI y la Guardia Civil no había encontrado ninguna prueba concreta de su implicación con el doctor Fuentes. Así, hombres como Joseba Beloki,​ David Etxebarria,​ Aitor​ y Unai Osa​ no volverían a encontrar equipo después de que estallara la Operación Puerto, a pesar de no estar sancionados. Como consecuencia de esta decisión, fueron apartados un día antes del comienzo de la ronda gala Ivan Basso y Francisco Mancebo, jefes de filas de CSC y Ag2r respectivamente.​​ En la reunión se votó porque todos los equipos se sumasen al código ético (impulsado en su momento por Manolo Saiz), decidiéndose la expulsión de todos los corredores implicados de la carrera.

Este finalmente llegó de Kazajistán, país del corredor estrella del equipo, Alexander Vinokourov, quien llamó personalmente al primer ministro de Kazajistán, antiguo ciclista y presidente de la federación de ciclismo. Saiz, quien en un primer momento había mentido a su equipo asegurando que lo que portaba en el momento de su detención no eran sustancias dopantes sino productos contra el asma,​ anunció el 8 de junio su retiro temporal de la dirección del equipo (siendo relevado por el hasta entonces adjunto Marino Lejarreta),​ así como de sus funciones en organismos internacionales.​ Antes de su retiro había trabajado en encontrar un nuevo patrocinador para el equipo. De esta manera el equipo se quedó sin la financiación de su principal patrocinador, cuando la temporada se encontraba en pleno inicio. Los dos equipos más afectados e implicados en la Operación Puerto, el Liberty Seguros (de categoría ProTour) y el Comunitat Valenciana (de categoría Profesional Continental), perdieron a sus patrocinadores principales como consecuencia del escándalo.

Se pincharon teléfonos para grabar numerosas conversaciones telefónicas entre los responsables y clientes de la trama, que serían de gran importancia para descifrar los nombres en clave hallados en la documentación y bolsas sanguíneas incautadas durante los registros. Así, se localizaron los puntos utilizados por la red de dopaje para desarrollar sus actividades, estando la mayor parte de ellos en el centro de Madrid. Antes de hablar de la investigación sobre la Operación Puerto, ha de señalarse que la actividad del doctor Eufemiano Fuentes era conocida, alentada y apoyada por las autoridades deportivas españolas en los años 80, que buscaban la mejor forma posible de preparación de sus atletas de cara a los Juegos Olímpicos.​ Habría que preguntarse de dónde obtuvo el teniente Gómez Bastida los fondos necesarios para mantener una investigación policial sobre una actividad que, conforme a la Ley Española vigente, era lícita y legal y, además, contratada en los años 80 por el Gobierno de España para mejorar los resultados deportivos de los atletas españoles de élite, tal y como publicó "El Pais" en su edición de 14 de febrero de 1985.​ Las investigaciones realizadas por esos países han permitido, de momento, la confirmación (y consiguiente sanción) de seis clientes deportistas, todos ellos (salvo uno) ya identificados por la Guardia Civil. Ante la negativa de las autoridades españolas a continuar con las investigaciones o a facilitar a otros organismos datos para que los clientes pudieran ser sancionados, países como Alemania e Italia iniciaron sus propias investigaciones sobre el caso.

Absoluciones judiciales de clientes, en cuestión

El diciembre de ese mismo año el CONI sancionó con dos años de suspensión al cliente Giampaolo Caruso y suspendió de por vida al correo Alessandro Kalc.​ Caruso recurrió dicha suspensión al TAS, que falló a favor del ciclista el 20 de enero de 2009.​ Sin embargo, el recurso de reforma de Manzano fue desestimado por el juez Carmelo Jiménez en junio de 2006, que cumplía una sustitución a Serrano, titular del Juzgado de Instrucción n.º 31 de Madrid. En esa misma edición de la Grande Boucle, y durante el día de descanso previo a las etapas de los Alpes, otro amigo habría facilitado a Fuentes un piso en Grenoble para efectuar las reinfusiones sanguíneas a sus clientes.​ Según publicó el diario El País, la Guardia Civil habría identificado al exciclista francés Pascal Hervé como el contacto de Eufemiano Fuentes en Francia.​ Hervé, retirado en 2001 tras haber sido uno de los primeros ciclistas en dar positivo por EPO gracias a las nuevas técnicas de detección, habría facilitado a Fuentes un piso de su propiedad en Limoges (situado junto a su restaurante, La Bibliothèque, ubicado en la antigua biblioteca municipal).​

La juez desestimó asimismo la petición de Manzano de abrir diligencias contra Fuentes y Belda por injurias y calumnias durante la vista oral, aunque también rechazó las acusaciones de falso testimonio vertidas contra Manzano por parte de las defensas.​ Por otra parte el fallo exculpó a los directores deportivos Manolo Saiz y Vicente Belda, así como a la médico Yolanda Fuentes, de haber cometido un delito contra la salud pública. Al carecer ambos de antecedentes penales, y siendo sus penas de menos de dos años, ninguno de los condenados tuvo que ingresar en la cárcel. El grupo de Novitzky recabó a cambio de sanciones atenuadas el testimonio de varios excompañeros de Armstrong, ya retirado y que se negó a colaborar al mantenerse en su postura de que no se había dopado, destapando así el dopaje sistemático practicado en la escuadra americana y su connivencia con las autoridades del deporte que debían velar por la lucha antidopaje.

El 25 de mayo, dos días después de las detenciones, la empresa Liberty Seguros retiró su patrocinio al equipo de Manolo Saiz por los daños causados a su nombre y al ciclismo. Según consta en el informe de la Guardia Civil, el doctor Fuentes se refería a los integrantes del equipo Liberty Seguros como "los azules" y a los del equipo Comunitat Valenciana como "los verdes",​ además de figurar su nombre completo en los manuscritos de Fuentes.​ Una de las consecuencias de la Operación Puerto fue que quedó al descubierto que el dopaje no era un delito según la legislación española vigente en ese momento.

La nueva generación del Mercedes GLA ya se está enfrentando también a las duras pruebas de invierno. Todas las noticias, pruebas, fotos espía y rumores de Mercedes

Según consta en el informe de la Guardia Civil, la red de dopaje se extendería hasta Italia por medio de Luigi Cecchini, un controvertido médico deportivo residente en la Toscana y relacionado por la prensa con Eufemiano Fuentes desde la Vuelta a España 2001.​​ Fuentes y Cecchini intercambiarían clientes y atenderían a los del otro cuando estos estuvieran en sus respectivos países.​ De hecho, uno de los clientes de la red de Fuentes tenía como nombre en clave Clasicómano Luigi, que haría referencia a un cliente especial de Luigi Cecchini tratado por Fuentes. El juez español que le interrogó, Guillermo Jiménez, decidió no abrir una investigación formal, al no ser el dopaje un delito según la legislación española vigente en ese momento y no hallar pruebas suficientes.​ Al no ser el dopaje un delito en ese momento en España, el juez Serrano solo estudió un posible delito contra la salud pública, que solo incriminaría a los responsables de la red, no a sus clientes (los deportistas). De esta manera, existía la posibilidad de que incluso aunque las autoridades deportivas tuvieran en algún momento acceso a las pruebas recabadas (bolsas de sangre, documentación…) no fuera posible sancionar a través de la justicia deportiva a los deportistas implicados como clientes de la red.

• El diario francés Le Monde publicó el 7 de diciembre de 2006 que Eufemiano Fuentes tenía relación con los clubes Real Madrid, F. C. Barcelona, Real Betis y Valencia C. F. Eufemiano Fuentes desmintió esa información a TVE, al considerar las acusaciones demasiado graves.​ En la entrevista concedida a Le Monde ese mismo mes, al preguntársele si se había ocupado de equipos como el Real Madrid o el F.
• Asimismo, se fotografió y grabó en vídeo la entrada y salida de varios clientes (acompañados de los responsables de la trama) en las dependencias de la red que ya estaban siendo vigiladas, hecho que sería también relevante para identificar a algunos clientes tras los nombres en clave utilizados.​
• Además, el juez Serrano no consideró otros posibles delitos como líneas de investigación que hubiesen justificado una mayor profundización en la investigación de la red de dopaje, como la estafa o daños contra la imagen de los patrocinadores, por ejemplo.
• La actitud del juez Serrano y de las instituciones españolas, contraria a continuar con la investigación o a facilitar las pruebas ya recabadas, provocaron numerosas críticas de organismos internacionales (AMA y UCI) y de federaciones extranjeras (como el CONI italiano),​​​ iniciando algunas de estas instituciones sus propias investigaciones y procedimientos sancionadores sobre el caso (de hecho, todas las confirmaciones y sanciones de clientes deportistas efectuadas hasta el momento se han producido fuera de España).
• C. Barcelona y que no habrían sido incautadas por la Guardia Civil porque el instituto armado no registró a tiempo la vivienda del Dr. Fuentes en Canarias.​ En dichas tablas se utilizaba una simbología idéntica a la de las tablas de preparación de los ciclistas (incautadas en los registros de Madrid), que indicarían administración de esteroides anabolizantes y precursores (indetectables en los controles) de hormona de crecimiento, así como ocasionalmente EPO y extracciones/reposiciones sanguíneas.​​

Juicio por un delito contra la salud pública

El diario Le Monde, por su parte, apuntó al boxeador francés Souleymane M’Baye, campeón del mundo del peso superligero y fotografiado por los investigadores de la Guardia Civil junto a Eufemiano Fuentes a la salida de una cafetería madrileña el 3 de mayo de 2006 (veinte días antes de las detenciones), como cliente de la red.​​ Según el diario español ABC, entre la documentación intervenida en los registros había tablas de preparación para atletas diseñadas por Eufemiano Fuentes, con asteriscos identificando las pruebas más importantes, como el Campeonato de España de atletismo (celebrado en Salamanca) y el Campeonato de Europa de atletismo (celebrado en Múnich), ambos en 2002.​ El diario francés Le Monde publicó el 7 de diciembre de 2006 que Eufemiano Fuentes tenía relación con los clubes Real Madrid, F. C. Barcelona, Real Betis y Valencia C. F. Eufemiano Fuentes desmintió esa información a TVE, al considerar las acusaciones demasiado graves.​ En la entrevista concedida a Le Monde ese mismo mes, al preguntársele si se había ocupado de equipos como el Real Madrid o el F. La FIFA, tras consultárselo al secretario de Estado español para el Deporte, Jaime Lissavetzky, anunció el 3 de julio de 2006 que ningún futbolista figuraba en la lista de clientes identificados por los investigadores.​ No obstante, la lista de clientes de Fuentes sería más extensa que los nombres en clave ya conocidos que no han sido identificados. Dos meses después, el 31 de mayo, emitió una segunda sentencia decretando a su vez una sanción de dos años de suspensión efectiva en todo el mundo.​

Los ciclistas absueltos proclamaron entonces que en adelante podían competir con normalidad, puesto que no estaban imputados por ningún delito penal. Durante la reunión también se decidió no sustituir con otros corredores a los ciclistas expulsados, hecho que provocaba la imposibilidad de participación del Astana-Würth, al no contar con el mínimo de corredores.​​ Como consecuencia de dichas revelaciones, el 26 de junio por la tarde el director del Tour de Francia comunicó por fax al equipo (así como a la UCI y la Asociación de Equipos) que no permitiría su participación en la prueba tras las informaciones publicadas para mantener el buen nombre de la Grande Boucle, amparándose en su derecho de no admitir a formaciones indeseables.​ El equipo recurrió esa decisión, y el 29 de junio el TAS autorizó al equipo a participar en el Tour, en contra de la tesis de la organización.​​ Como consecuencia de esta situación, el 13 de junio los organizadores del Tour de Francia 2006 decidieron retirar su invitación al equipo.​ El equipo (no ProTour, y por tanto con una participación no asegurada, pendiente de una invitación de los organizadores) había sido invitado por primera vez desde 2003, después de haber sido excluido en 2004 y 2005 por las denuncias de dopaje interno de Jesús Manzano en el diario As.​